O Tribunal de Contas da União (TCU) apontou irregularidades e danos aos cofres públicos na compra de ações da JBS pelo BNDES, em 2008, em operação que ajudou o grupo na aquisição do frigorífico National Beef Packing e da divisão de carnes bovinas da Smithfield Foods, nos Estados Unidos.
O tribunal colocou o ex-ministro da Fazenda Guido Mantega e o ex-presidente do BNDES Luciano Coutinho entre os responsáveis pela operação de compra de ações da JBS pelo banco e pediu explicações a ambos, entre outras pessoas.