Temer só não foi denunciado porque está protegido pelo mandato presidencial. Pelo artigo 86 da Constituição, presidente da República não pode ser investigado por fatos anteriores ao mandato. Diante do impedimento legal, as informações relacionadas a Temer deixadas à parte para serem retomadas em uma nova investigação quando o presidente deixar o cargo. "Relativamente à suposta participação do presidente Michel Temer nos fatos envolvendo o pagamento de vantagem indevida pela empresa do grupo Odebrecht , a cláusula constitucional de imunidade do art. 86, § 4P, impede a adoção de providências a respeito. Já a possível ausência de outras pessoas ou fatos na denúncia não implica arquivamento implícito ou indireto", explica Janot.
Temer e os demais colegas de partidos citados pelo procurador-geral são suspeitos desviar dinheiro da Transpetro, subsidiária da Petrobras, com base na intermediação de Sérgio Machado. A partir da intervenção de Machado empresas faziam pagamentos a políticos do PMDB, parte deles camuflados como doações eleitorais. Em troca, obtinham contratos superfaturados com a Transpetro. Em delação premiada, Machado disse que a estrutura de desvios vigorou de 2003 a 2015, período em que esteve à frente da estatal. Ao longo estes anos, ele teria intermediado o pagamento de mais de R$ 100 milhões a Renan, Sarney, Juca, entre outros políticos da cúpula do PMDB.
Na delação premiada, o ex-presidente da Transpetro também narrou um pedido que teria recebido de Temer na Base Aérea de Brasília para a campanha de Chalita à prefeitura de São Paulo em 2012. Machado disse que os dois se encontraram na Base Aérea e Temer, então vice-presidente da República, pediu a ele aproximadamente R$ 1,5 milhão. O dinheiro seria destinado à campanha de Chalita. Machado repassou o pedido a Fernando Cunha Reis, diretor da Odebrecht Ambiental. Sem maiores embaraços, Reis acionou a Bairro Novo Empreendimentos para fazer o pagamento a campanha de Chalita, numa transação intermediada pelo diretório nacional do PMDB.
Na denúncia contra Renan, Juca e Sarney, Janot afirma que, também a partir de um acordo de colaboração premiada, Reis "corroborou o depoimento de Sérgio Machado". Como indícios do encontro entre Temer e Machado na Base Aérea em 6 de setembro de 2012, Janot cita registro da movimentação dos dois. Pelo relato, Machado telefonou para Temer e seguiu rumo à Base Aérea num carro alugado. A agenda oficial de Temer informa que, naquele mesmo dia, o presidente esteve na Base Aérea, onde embarcaria numa viagem para Londres.
Duas semanas depois do encontro entre Temer e Machado, a Barro Novo fez duas doações de R$ 500 mil para o PMDB nacional. Logo em seguida, o dinheiro foi transferido para a campanha de Chalita. Na delação, Machado disse que os políticos que pediam dinheiro a ele sabiam da origem ilegal dos recursos. O ex-presidente da Transpetro explica que era um servidor público e não um generoso financiador de campanhas eleitorais.
"Quanto a esses políticos, tem a explicar que, quando o procuravam, conheciam o funcionamento do sistema; QUE, embora a palavra propina não fosse dita, esses políticos sabiam, ao procurarem o depoente, não obteriam dele doação com recursos do próprio, enquanto pessoa física, nem da Transpetro, e sim de empresas que tinham relacionamento contratual com a Transpetro", afirmou Machado.
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